Silikonski katetri se pogosto uporabljajo v klinični medicini, predvsem pri težavah z uriniranjem, zastajanju urina ali pooperativni kateterizaciji. Začasna kateterizacija je primerna za bolnike z akutno retenco urina. V aseptičnih pogojih se kateter vstavi skozi sečnico v mehur, da pomaga pri hitrem odvajanju urina; čas kateterizacije običajno ne presega 24 ur. Stalna kateterizacija se uporablja pri bolnikih z dolgotrajnimi-motnjami urina, kot je nevrogeni mehur ali napredovala benigna hiperplazija prostate. Za pritrditev v mehur se uporablja silikonski kateter z balonom, ki zahteva dnevno čiščenje odprtine sečnice in redno menjavo vrečke za zbiranje urina.
Namakanje mehurja vključuje vbrizgavanje zdravil, kot je fiziološka raztopina ali raztopina antibiotikov, v mehur skozi kateter za zdravljenje cistitisa ali preprečevanje blokade krvnih strdkov. Postopek zahteva nizek-tlak, počasno namakanje in strogo aseptično tehniko. Dilatacija sečnice se uporablja pri bolnikih s strikturo sečnice, postopno povečanje premera katetra za izboljšanje uriniranja; to mora opraviti usposobljen zdravnik. Postoperativna drenaža je pogosta po uroloških operacijah. Kateter se uporablja za spremljanje izločanja urina in zmanjšanje pritiska v mehurju; drenažni sistem mora biti zaprt. Silikonski katetri imajo gladko površino, dobro biokompatibilnost in nizko draženje sluznice sečnice, zaradi česar so primerni za dolgotrajno stalno kateterizacijo.
